位於計畫區之東北端，東以狹長之海岸地帶瀕臨太平洋，西側約以四十二、四十四、四十五、四十七、四十八、五十六等國有林班地範圍為界，南接佳樂水遊憩區，北面以太平山及其附近之山脊、山溝為界，面積約計5800公頃。

南仁山生態保護區，為墾丁國家公園所轄，地理位置於屏東縣滿州鄉境內，佔地面積約5800公頃，為一天然熱帶季風林雨林，是國內少數僅存之低海拔原始林。

全區之地型地勢大體上以太平山、南仁山、萬里得山、出風山、滿州山、豬月勞束山間之主山脊線向東西兩面傾斜，坡度陡峻，兼備丘陵、山谷、沼潭、溪流、山坡、草原等變化多端之地型地勢。

本區由於位置偏僻交通不便罕見人跡，除南山路之窪地南仁湖為管理處管有之外，其餘地區均屬國有林班地，小部份地區已遭濫墾或改植人造林外，多為濃密原始林所覆蓋，其間孕育著上千種植生與各類野生動物，每年十月則有大批灰面鷲在此過境，景觀壯麗。完整之動物相及珍貴之植群，除富於學術研究價值外，並可以提供環境教育育及景觀欣賞使用，是墾丁國家公園之精華所在。

　佔地廣達5800多公頃之南仁山生態保護區，保留了台灣僅存的低海拔原始森林。海拔526公尺之萬里得山為本區之最高點，次高點則為479公尺高之南仁山；每年十月至隔年三月之東北季風，對於南仁山區的植物生態，造成很大的影響，迎風面的植被組成，以殼斗科、茶科、冬青科和八角茴香科為主，樹型較低矮，屬於亞熱帶或溫帶常綠闊葉森。這些科的植物在台灣中北部多分佈在海拔1000公尺處，而在南仁山區則僅在海拔500公尺以下即出現。另外，真菌類也有342種，其中擔子菌300種，子囊菌42種。 

而在背風溪谷區，則以茜草科、大戟科及桑科等植物為主，具有支柱根、板根、幹生花及木質藤本等近似熱帶雨林的特徵。根據有限之調查發現，此地區計有80種鳥類，24種蛇類，13種蜥蜴守宮，12種魚類，19種蛙類，11種哺乳類，5種龜鱉、16目77科416種自然資源昆蟲（其中鞘翅目117種、鱗翅目118 種），而蝴蝶則有7科65種之多、溪蟹－－等等，故以動物種類而言，本區為墾丁國家公園之精華所在。

南仁山屬低海拔的丘陵地，在部分較開闊的盆地，因缺少出水口，而形成小型的湖泊或沼澤，此即所謂的南仁湖，其範圍包括3處水域：中央水域、獨立南仁湖及入口處之宜蘭潭或稱南仁古湖，總面積約28公頃。 　

由南仁山管理站為起點，至南仁湖畔，單趟路程約為4.3公里，來回共約8.6公里，路程時間約需2.5小時到3小時左右，進入此區需有較佳之體能及行動能力為宜，建議勿帶幼童進入。